Renunció a su nombre completo para utilizar sólo el de Guillermo Zúñiga con el que firmó su larga y variada obra, la de un pionero en el cine documental y científico, territorio prácticamente inexplorado en España hasta que él se lanzó a descubrir las inmensas posibilidades de un género que ya contaba con notables ejemplos en otros países.

Nació huérfano de padre, muerto dos meses antes de que legara a este mundo. Tiempo después, su madre, Vicenta, contrajo nuevo matrimonio con Juan Giménez de Aguilar, una de las más destacadas personalidades intelectuales de la primera mitad del siglo XX en Cuenca. Que debió ser una influencia positiva en el niño lo demuestra el hecho de que Guillermo eligió la carrera de Ciencias Naturales, disciplina en la que su padre adoptivo era catedrático en el Instituto de Cuenca. Se licenció en la Universidad Central (1932) e inició un breve periodo docente en el Instituto Escuela (1933), pero para entonces ya había sentido la llamada del cine, que concebía como un elemento básico y de gran utilidad en tareas educadoras aplicadas a los estamentos populares. Convencido de ese papel, se incorporó a los programas impulsados por la II República a través de Misiones Pedagógicas, participando en 1931 en las de Ayllón (Segovia) y entre enero y febrero de 1932 en las de Navalcán (Toledo), Beteta y Mariana (Cuenca), y en agosto de 1934 en Alcázar del Rey y Buenache de la Sierra, también en Cuenca.

Como viajaba no sólo con el proyector de películas sino con su propia cámara de filmación, en este periodo rueda su primera película, Boda en Navalcán , si bien él mismo consideró siempre que el primer film verdaderamente visto por el público fue Por Marruecos, país que había visitado formando parte de una expedición científica financiada por la JAE, de donde volvió impresionado por todo lo que allí había visto y que contribuyó sobremanera a definir su definitiva vocación hacia el cine científico y documental, de manera que inmediatamente comenzó a dar los primeros pasos en este ámbito realizando entre 1934 y 1935 La vida de las abejas, en el Museo Nacional de Ciencias Naturales, un trabajo verdaderamente espectacular en el que mostraba las posibilidades extraordinarias que ofrecía el cine para obtener imágenes minuciosas del mundo animal y que sirvió para que empe z ara a ser llamado por otros científicos para actuar como operador de cámara en diversos trabajos de laboratorio con animales.

Fue movilizado al comenzar la guerra civil pero pronto se le destinó al departamento cinematográfico incorporándose al equipo del noticiario España al día , participando en filmaciones de operaciones militares, la instrucción de los soldados, el manejo de las armas, construcción de trincheras, etc. En 1937 acompañó al documentalista Joris Ivens a Fuentidueña de Tajo para poder rodar escenas para su película The Spanish Earth (Tierra de España).

Al término del conflicto, mientras Giménez de Aguilar era encausado y condenado a muerte, castigo que se le conmutó por el de prisión, muriendo en la de Alcalá de Henares, Guillermo Zúñiga eligió el camino del exilio, primero en Francia, internado en los campos de Argelès y de Bram. En noviembre de 1939 se afilió al Partido Comunista incorporándose a las milicias de la Resistencia frente al invasor alemán, hasta que fue apresado y encarcelado en el campo de concentración de Gurs , de donde pudo escapar librándose de ser trasladado a los campos de exterminio en Alemania.

Tras la liberación pudo reanudar su trabajo cinematográfico, aunque de esta época existen muy escasos datos, hasta que a finales de 1946 emprendió viaje a Buenos Aires, llamado por el escenógrafo Gori Muñoz y los escritores Alejandro Casona y Rafael Alberti, que le habían conseguido un contrato de trabajo en los Estudios San Miguel, donde comenzó como ayudante de cámara continuando luego en otras ocupaciones, hasta concluir esta etapa como coordinador general de producción en la compañía cinematográfica. Durante esta etapa, aparece en los títulos de crédito, desempeñando diferentes funciones, en más de veinte películas, la mayoría no estrenadas en España.

De modo simultáneo continúa su dedicación al cine científico utilizando restos de celuloide sobrante de los rodajes, para luego incorporarse al Instituto Argentino de Arte Cinematográfico impartiendo asignaturas como Producción o Cine científico.

En 1957 prepara su regreso a España donde empezaban a plantearse nuevas posibilidades mediante cooperativas de producción, encontrando acomodo en una de ellas, UNINCI, en la que ejerce diversas tareas técnicas vinculadas con la producción pero que no le distraen de su objetivo fundamental, el cine científico.

En 1965 consiguió cumplir un viejo propósito: fundar la Asociación Española de Cine Científico, en la que figura como presidente y en la que se integraron no solo realizadores cinematográficos sino catedráticos e investigadores convencidos de la utilidad del cine en el aula o el laboratorio. Retomó su actividad docente como profesor en la Escuela Oficial de Cinematografía de Madrid entre 1967 y 1972 impartiendo la asignatura “Cine científico y sus técnicas”. Se encargó de la organización de las Primeras Jornadas Internacionales de Cine Científico de la Universidad Complutense de Madrid en 1971 y fue j efe del Servicio de Cine Científico del Instituto de Ciencias de la Educación de la Universidad Autónoma de Madrid (1975-1977).

En ese periodo, el realizador conquense participó en numerosos congresos y actividades internacionales vinculadas con su especialización, trayectoria que culminó con el homenaje que se le tributó en 2001 en la I Semana de la Ciencia y la Tecnología, organizada por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas, en la que se proyectaron algunas de sus películas. Estas ocupaciones no impidieron que el cineasta continuara su labor creativa, para lo que fundó su propia productora, Zúñiga Films, desde la cual realizó y dirigió documentales científicos de diversa índole como

• Las aventuras de Api (1964), que obtuvo el primer premio del Sindicato Nacional del Espectácu lo en el mismo año y el primer premio “Pelayo de Oro” del III Certamen Inter nacional de Cine y Televisión de Gijón en 1965 ;
• Florinda y el Viento (1965) ;
• Un pequeño colonizador verde (1968),
• El mejillón en Galicia (1971),
• Guerra en el naranjal (1971),
• La mosca de las frutas (1971),
• Encinares (1973).
• La lagarta (1973),
• El agua en la vida (1975), y un largo etcétera que incluye docenas de premios.
• Tardaría muchos años en realizar el que sería su último documental, El salmón de Asturias (1991).

En el cine comercial español el nombre de Guillermo Zúñiga aparece en los títulos de crédito de varias películas en las que desempeñó diversas funciones relacionadas con el departamento de producción:

• Pasos de angustia (Clemente Pamplona, 1957), como director de reparto;
• Tal vez mañana (Glauco Pellegrini, 1957), productor asociado;
• Sonatas (Juan A. Bardem, 1959), productor;
• La mano en la trampa (Leopoldo Torre Nillson , 1961), director de producción;
• A las cinco de la tarde (Juan. A. Bardem, 1961), director de producción;
• Viridiana (1961), producción, sin concretar su función;
• Los golfos (Carlos Saura, 1961), sin definir;
• Los inocentes (Juan A. Bardem, 1962), productor;
• Destino Barajas (Ricardo Blasco, 1962), director general de producción;
• Gringo (Ricardo Blasco), director de producción;
• El Zorro cabalga otra vez (Ricardo Blasco, 1964), jefe de producción;
• Misión especial en Caracas (Raoul André, 1965), jefe de producción;
• El gran crucero (José Gutiérrez Maeso, 1969), guionista y director de la unidad científica.