Fernando Zóbel de Ayala y Montojo nace en Manila (Filipinas) en 1924. Allí realiza los primeros estudios, trasladándose más tarde a Madrid y regresando posteriormente a Manila en 1936. Finaliza el bachillerato en el Brent College de Baguío. En 1941 se matricula en Medicina en la Universidad de Santo Tomás de Manila, hasta la invasión japonesa de la isla. En 1942 abandona los estudios de medicina y permanece hospitalizado en el National Orthopedic Hospital a lo largo de 1942, situación que le mueve a iniciarse en la pintura aprovechando el periodo de hospitalización. En 1943 fallece su padre.
En 1946 ingresa en la Universidad de Harvard como estudiante de Filosofía y Letras. En 1949 finaliza los estudios con una tesina sobre García Lorca. Regresa a Manila, pero el desinterés por la empresa familia le devuelve a Harvard con la finalidad de cursar Leyes, estudios que abandona prontamente. A finales de año trabaja en el departamento de Artes Gráficas del Harvard College Library, bajo la supervisión de Philip Hofer. A lo largo de 1950 ensaya con todas las técnicas gráficas disponibles en el Harvard College Library. En 1951 declara su interés en seguir a Hyman Bloom, de cara a un posible proceso formativo. Exposición colectiva en la Swetzoff Gallery de Boston. Colabora como ilustrador gráfico del Harvard Allumni Bulletin.
Primer viaje por España, donde recoge apuntes diversos de Toledo, Albarracín y Granada. Desde su regreso a Manila en 1952 y hasta 1961 en que se instala definitivamente en España mantiene la doble actividad: empresa y pintura. Se une, posteriormente, a un grupo de pintores filipinos. En 1953 es elegido presidente de la Asociación de Artes de Filipinas; primera exposición individual en la Philippine Art Gallery. En 1958 promueve la publicación del texto The Art of the Philippines. A lo largo de 1954 y tras las dudas por su doble vida, realiza un viaje por Estados Unidos y Europa que acabará modelando al definitivo pintor Zóbel. En 1955 inicia su estancia en la Rhode Island School of Design. Primera exposición individual en la Swetzoff Gallery de Boston. Descubre a Mark Rothko en el Museo de Providence. En ese año participa en la III Bienal Hispanoamericana de Arte de Barcelona en representación de Filipinas. Nuevo viaje a España, Úbeda, Mérida, Ronda, Granada, Sevilla, Madrid y Gerona. Descubre la joven pintura española en la galería de Fernando Fe. Conoce a Gerardo Rueda. Regreso a Manila, manteniendo los contactos españoles. Abandono de la figuración, tratando de sintetizar el luminismo de Rothko, la pintura matérica de Feito y Burri y la caligrafía de Kline. Exposición individual en la Philippine art galery, Fifteen painting by Fernado Zobel. Viaje a Japón.
En el curso 56-57 imparte curso de Historia del Arte en la Universidad del Ateneo de Manila. En 1957 exposición en la Philippine art galery, An exhibition of new paintings. En 1958, tras las excavaciones arqueológicas realizadas en Calatagan, comienza a recibir clase de pintura china de Ch’en Bing Sun. Nombrado conservador honorario del Museo Nacional de Filipinas. En octubre se instala en Madrid, c/ Velázquez 98; comparte estudio con Gerardo Rueda. Amistad con Saura, Sempere, Chirino y Antonio Magaz. Inicia la colección de Pintura Abstracta Española, base de la posterior colección del Museo de Cuenca. En 1959 exposición en la galería Biosca, inicia la Serie Negra que llegará hasta 1963. Publicación del libro de Antonio Magaz Zobel. Pinturas y dibujos. Participa en la exposición Negro y blanco.
En 1960 expone en The Solomon Guggenheim de New York, Before Picasso, after Miró. Viaje a Tokio. En 1961, como un final de etapa, expone en la Luz Gallery de Manila y toma la decisión de trasladarse a España y dedicarse exclusivamente a la pintura. Expone en la Sala Nebli parte de la Serie Negra. En 1962, es nombrado doctor Honoris Causa por la Universidad del Ateneo de Manila. Expone en la Tate Gallery Modern spanish painting y en la XXXI Bienal de Venecia, donde conoce a Gustavo Torner. En 1963, toma la idea de exponer fuera de su casa la colección de pintura. Viaja con Rueda a Toledo. Luego repite salida a Cuenca, invitado por Torner. El alcalde de Cuenca le ofrece el edificio de las Casas Colgadas. En julio, se instala en Cuenca. Forma equipo con Torner y Rueda para organizar el espacio del museo. Publica el libro Imaginería religiosa en Filipinas. Expone, en 1964 en la galería Juana Mordó y en el Pabellón español de la Feria Mundial de New York. En 1965, publica el porfolio Libro de horas. El 30 de junio de 1965, se inaugura el Museo de Arte Abstracto de Cuenca (MAAC). Conferencia en 1967, en la Casa de Cultura de Cuenca, Las dos corrientes del arte abstracto español. En 1968 expone en la galería de Bertha Schaefer de New York. Nace en 1968, la amistad con el grupo de Sevilla. Carmen Laffón, Gerardo Delgado, Pepe Soto, la familia Bonet Correa y Joaquín Sáenz. 1969, exposición de fotografía en la Casa de Cultura de Cuenca, Cuenca y sus niños.
En 1970, exposición de dibujos en Egam. La Universidad de Harvard publica Fernando Zóbel. Cuenca. Sketchbook of a spanish Hill Town, en Cambridge. 1971 serie El Júcar, y El lago y el estanque, concebida durante su visita a Oxford. Escribe el desarrollo de la serie pictórica El Júcar, que centrarían la exposición de 1995, comisariada por Rafael Pérez-Madero. Estudio en Sevilla, en la Plaza de Pilatos. En 1972 expone la serie El Júcar en la galería Juana de Aizpuru y en la Casa de Cultura de Cuenca. Comienza la serie Academias. Nombrado Hijo adoptivo de Cuenca. 1973 inicia la serie La vista, vistas desde su estudio sobre el río. Medalla de oro de la Agrupación filatélica y cultural de Cuenca. En 1974, exponen la serie La vista en las galerías Juana Mordó y Juana de Aizpuru. Publicación Zobel cuaderno de apuntes, editado por la galería Juana Mordó, con artes gráficas de Gráficas del Sur, con Joaquín Sáenz mediante. 1975 inicia la Serie Blanca que se extiende hasta 1978. Publica Mis fotos de Cuenca. 1977 exposición de acuarelas en la galería Jacob de Paris. Conferencia Pintura norteamericana del siglo XX, en la Fundación Juan March. En la galería Theo expone en 1978 la Serie Blanca. Publicación de los textos La Serie Blanca de Rafael Pérez-Madero; Diálogos con la pintura, fruto de las conversaciones sostenidas con el también pintor Pancho Ortuño y Acuarelas de José Miguel Ullán. Ampliación del Museo de Arte Abstracto de Cuenca (MAAC). 1979, conferencia en la Fundación March de Madrid sobre De Kooning: expresionismo y color.
En 1980, en Manila, sufre un accidente vascular que le acabaría afectando en lo personal. El Consejo de Europa concede al Museo de Cuenca la mención de Museo del Año y el Ministerio de Cultura le otorga la Medalla de Oro al Mérito en las Bellas Artes. Donación de los fondos del MAAC a la Fundación Juan March, con un total de setecientas obras. En Cuenca al Instituto de Bachillerato se le denomina Fernando Zóbel. En 1981 tiene lugar el acto oficial de la donación del MAAC a la Fundación March. Exposición de la serie Las orillas en la galería Theo. Publicación de su segundo libro de fotografías sobre El río en Cuenca. Realiza la ilustración de la portada de Revista de Occidente en el número 9 -que será retomada en el número 42 de 1984 “en homenaje a su memoria”. En 1983 primera https://biblioteca.ucm.es/edicionweb/bancos-de-imagenesexposición retrospectiva en Sevilla, en la Caja de Ahorros de San Fernando. Otorgada la Medalla de oro de las Bellas Artes por el Ministerio de Cultura. Exposición en el Círculo de Bellas Artes, 259 imágenes. Fotografía actual en España. Muere en Roma, es enterrado en Cuenca, en la Sacramental de San Isidro. La Academia de Bellas Artes de San Fernando le nombra Académico Numerario, pero no llega a leer su discurso.
Muere en Roma, el 2 de junio de 1984.
Medalla de oro de la ciudad de Cuenca, a título póstumo, medalla de honor de la Universidad Menéndez Pelayo. Exposición homenaje, Zóbel, en la Fundación March con texto de Calvo Serraller, que será mostrada en Cuenca en 1985 y en Tenerife en 1986. En 1991, exposición conmemorativa del XXV aniversario de la creación de MAAC, Fernando Zóbel: una visión de Cuenca. En 1994, exposición El río Júcar en el MAAC. Pérez-Madero publica en el catálogo el texto inédito de 1971, Diario de un cuadro. El mismo autor publica el catálogo razonado de la obra de Zóbel, editado por la Diputación de Cuenca. En 2003 el Reina Sofía –con itinerancia a la Casa Zavala de Cuenca y al espacio de Sevilla de la Caja de San Fernando– expone la muestra Zóbel; con textos de Peter Soriano, Juan Manuel Bonet, Antonio Bonet, Marcos Ricardo Barnatán y Pérez-Madero. En 2020, se actualiza el libro publicado en 1970 Cuenca. Sketchbook of a spanish Hill Town, en Cambridge. Edición bilingüe que da cuenta de la pasión sentida y reflejada por Cuenca a través de notas, croquis y apuntes que explican, en parte, el proceso de su pintura, desde los dibujos iniciales a las telas y óleos finales. En 2022 en el Museo del Prado El futuro del pasado, indaga las relaciones de Zóbel con la pintura histórica, que entre 2024 y 2025 viajará al Ayala Museum de Manila y a la National Gallery de Singapur. La Fundación March expone en Madrid El pequeño museo más bello del mundo, en 2024 y en Palma de Mallorca Memoria de un instante.