Francisco de Aguilera y Egea, hijo de Domingo Aguilera Mendoza, natural de Ciudad Real y de profesión propietario, y de Matilde Egea Salcedo, natural de Totana (Murcia), nació en Ciudad Real el 21 de diciembre de 1857. Su juventud la pasó en su ciudad natal, residiendo en la vivienda familiar de la calle Toledo número 48. El 20 de diciembre de 1873 su padre dirigía una instancia al director general de Infantería en la que exponía el deseo de su hijo Francisco de ingresar en la clase de cadetes como hijo de paisano para seguir la carrera militar. 

El 29 de enero de 1874, Francisco Aguilera se incorporó a su primer destino, en el Regimiento de Infantería de Albuera núm. 26, como caballero cadete. En marzo pasó a la Academia de Cadetes de nueva creación. En ella permaneció hasta finales de agosto que fue promovido al empleo de alférez de Infantería con destino al Batallón Reserva Provisional de Castilla la Vieja. El 6 de noviembre del mismo año se incorporó al Batallón Reserva núm. 1, en la provincia de Cuenca, en estado de guerra por las luchas con los carlistas. Con diecisiete años comenzaba su carrera militar en el campo de batalla, que tantas gratificaciones y reconocimientos le iba a ofrecer. Con diecinueve años ya era comandante.

A partir de la tercera guerra carlista participó en todas las guerras coloniales en las que se vio involucrada España, tanto en Cuba (1868-1878 y 1895-1898) como en Marruecos (1909-1927), consiguiendo ascender, en la mayor parte de ocasiones por méritos de guerra, a general de brigada en 1906, tres años después a general de división y en 1913 a teniente general, empleo en el que, al pasar a la reserva, tenía el número uno del escalafón. Ha contado con algunas de las más importantes condecoraciones militares, como la Real y Militar Orden de San Hermenegildo, Orden del Mérito Militar designada para premiar servicios de guerra, Orden Militar de María Cristina, Real y distinguida Orden de Carlos III, Orden de la Corona de Bélgica y Orden de Cristo de Portugal.

Tras una exitosa carrera militar dio el salto a la política, como había sido característico entre los grandes militares del siglo anterior. El 20 de abril de 1917 fue nombrado ministro de la Guerra en el gobierno presidido por el liberal Manuel García Prieto. “¡Que en las batallas de la política conserve usted la tranquilidad de que hizo gala en Imehiaten, y que sus enemigos le reverencien como le reverencian los nómadas de Benibuyagi, general Aguilera!”, escribía el militar, periodista y escritor Leopoldo Bejarano, en el periódico El Liberal el 22 de abril de 1917. Sus buenos deseos no le sirvieron al ilustre general, cuya carrera política resultó mucho más complicada que la militar.

Tras asistir a su primer Consejo de Ministros fue felicitado por los periodistas. Aguilera les respondió: “La enhorabuena resérvenla ustedes para cuando salga, si lo hago bien”. Su ministerio resultó mucho más corto de lo esperado. En menos de dos meses había presentado la dimisión, al sentirse desautorizado por Alfonso XIII cuando decidió actuar con energía contra las Juntas Militares de Defensa, grupo de presión militar que a primeros de junio hizo públicas una serie de reivindicaciones de carácter económico, técnico, moral y profesional para el ejército. Se trataba, sin duda alguna, de un desafío público al poder civil que Aguilera trató de atajar ordenando la prisión de todos los cabecillas de la organización clandestina. El rey, que no quería enemistarse con una parte de los militares, exigió su liberación, lo que provocó la dimisión del ministro de la Guerra, el día 11 de junio, que fue seguida por la de todo el gabinete. El nuevo gobierno, presidido por el conservador Eduardo Dato, no tardó en aprobar un amplio paquete de medidas favorables al ejército, en sintonía con las reivindicaciones de los junteros.

Los centros de decisión política, debido a la debilidad de los partidos del turno y al incremento del intervencionismo militar, estaban desplazándose hacia los cuarteles y el Palacio Real. Junio de 1917 significó una especie de punto de no retorno en ese deslizamiento. Durante los siguientes seis años, hasta el golpe de Estado de Primo de Rivera en 1923, se produjeron en España catorce crisis totales de gobierno, se convocaron cuatro elecciones generales y hasta tres presidentes del Gobierno cayeron por directa presión militar y por la cada vez más aguda desmovilización ciudadana. Para Antonio Maura, líder conservador, “La inmensa mayoría del pueblo español está vuelta de espaldas, no interviene para nada en la vida política”. 

Tras el descalabro ministerial volvió a su tierra para apoyar a uno de sus mejores amigos, Francisco Rivas Moreno, en las elecciones de 1918, candidato del Partido Regionalista Manchego, que tenía como principal objetivo luchar contra el predominio de los cuneros en la política provincial. La experiencia electoral les dio muchas gratificaciones, sobre todo por palpar de cerca el entusiasmo de la gente, pero muy pocos votos. Los cuneros y los caciques seguían acaparando los escrutinios en una tierra desmovilizada y con una mentalidad apegada en exceso a la tradición. Las elecciones se celebraron el 23 de febrero. En el distrito de Ciudad Real-Piedrabuena venció el liberal Rafael Gasset, cunero y exministro de Fomento en diversas ocasiones, por 6.115 votos frente a los 3.759 de Rivas Moreno.

El 21 de septiembre de 1918, Aguilera fue nombrado capitán general de la Primera Región, hasta el 8 de junio de 1921, que pasó a ocupar la presidencia del Consejo Supremo de Guerra y Marina, máximo órgano de la justicia militar. Aquí tuvo un papel relevante porque en abril de 1922 le llegaría el Expediente Picasso, formado para depurar las responsabilidades del desastre de Annual, una de las más duras y dolorosas derrotas del ejército español a lo largo de su historia, cuyas conclusiones resultaban demoledoras para los mandos militares que dirigieron la campaña militar y los que estaban en los puestos de responsabilidad de la Comandancia Militar de Melilla. La guerra de Marruecos empezaba a tomar un destacado protagonismo en la vida política española, y con él el general Aguilera, que se había propuesto juzgar a todos los responsables del desastre, fueran quienes fueran, a partir de los trabajos preliminares de carácter informativo del general Juan Picasso. El presidente del Consejo Supremo de Guerra y Marina decidió formar dos causas judiciales, una contra los altos mandos y otra contra el resto de los jefes y oficiales implicados en los acontecimientos. En la primera se juzgaba al general Dámaso Berenguer, alto comisario en Marruecos y general en jefe del Ejército en África durante los acontecimientos de Annual, y al general Felipe Navarro, segundo jefe de la Comandancia de Melilla. 

Además de la vía judicial, el asunto de las responsabilidades de Annual llegaron también a las Cortes, donde se formó una Comisión de Responsabilidades. En ella, los debates fueron cada vez más intensos, dirigiendo gran parte de las críticas a la actuación del rey, a quienes algunos líderes políticos culpaban como máximo responsable del ejército. Para Alfonso XIII, el asunto de Annual se convirtió en una auténtica pesadilla parlamentaria, lo que explica en gran parte su apoyo al general Miguel Primo de Rivera para protagonizar el golpe de Estado del 13 de septiembre de 1923, que significó el final de la Constitución de 1876 y del régimen parlamentario de la Restauración. La clausura de las Cortes evitó que la Comisión de Responsabilidades finalizara su trabajo, que sin duda parecía culpabilizar al monarca en sus conclusiones. 

El general Aguilera, que se había opuesto a encabezar el golpe de Estado y a colaborar con la conspiración del cuadrilátero, integrada por generales africanistas muy cercanos al rey, pasó a erigirse en el máximo opositor contra Primo de Rivera, sobre todo cuando fue obligado a dimitir de la presidencia del Consejo Supremo de Guerra y Marina, donde su interés por buscar culpables en las altas instancias del ejército resultaba muy molesto tanto para el monarca como para el dictador. Por Real decreto de 3 de marzo de 1924, el rey aceptaba su dimisión “fundada en el mal estado de su salud”, aunque todos sabían que se trataba de una mera excusa. El general seguía con las secuelas físicas que le habían dejado las guerras y las enfermedades tropicales, pero su estado no era peor que el de años antes. Aguilera no podía tolerar el cese de sus más íntimos consejeros en el máximo órgano de la justicia militar, lo que le hizo perder su mayoría en juicios tan relevantes como los que tenían que venir. 

El general Aguilera concluyó el asunto de su dimisión anunciando que se retiraba a sus propiedades de La Mancha, a la finca de Los Cerrillos, en Argamasilla de Alba, con el fin de hacer buen vino para sus amigos. En realidad, su principal dedicación desde entonces fue la de conspirador contra el régimen de Primo de Rivera. El 24 de junio de 1926 protagonizó la primera gran sublevación contra la dictadura, conocida como la Sanjuanada, que, aunque constituyó un rotundo fracaso supo aunar a casi toda la oposición, constituida por republicanos, comunistas, anarquistas, artilleros e intelectuales. Fue condenado a seis meses y un día de prisión, se le impuso una multa de 200.000 pesetas, se le pasó a la situación de reserva y le embargaron todos sus bienes.  En la sublevación del Primer Regimiento Ligero de Artillería de Ciudad Real, el 29 de enero de 1929, que ocupó toda la ciudad durante unas doce horas, Aguilera también jugó un destacado protagonismo, animando y exigiendo a los artilleros manchegos participar en el amplio movimiento revolucionario liderado por José Sánchez Guerra.

Cuando se proclamó la República, el 14 de abril de 1931, Aguilera solicitó a todos sus paisanos y amigos el respaldo para el nuevo régimen. Unos días después, por decreto de 2 de mayo del presidente del Gobierno Provisional de la República, Niceto Alcalá Zamora, se promovía al general Aguilera a la dignidad de capitán general del Ejército, por “los eminentes servicios que ha prestado a la causa de la libertad”. Pero poco pudo disfrutar del reconocimiento, pues murió en Madrid el 19 de mayo de 1931. Su cuerpo, despedido en la capital por las más altas autoridades civiles y militares del país, fue enterrado en el cementerio de Ciudad Real.