Nacido en Toledo, es el último de los cuatro hijos del matrimonio formado por José Rivera Lema, médico, y Carmen Ramírez Grisolía. Durante su infancia creció bajo la sombra de su hermano mayor, Antonio, «el ángel del Alcázar», que murió con fama de santidad el 20 de noviembre de 1936 a consecuencia de las heridas recibidas en el Alcázar.

Las primeras letras las aprendió en su casa, y con 10 años se incorporó al Instituto para cursar 2º de bachillerato, que continuó durante la guerra civil y concluyó en julio de 1942. Es, como lo fuera su hermano, militante de la Acción Católica. El curso siguiente se matricula en la Facultad de Filosofía y Letras de Madrid, y tras unos ejercicios espirituales dirigidos por el jesuita P. Llanos decide hacerse sacerdote e ingresa, en octubre de 1943, en el Seminario de Comillas (Santander) donde estudió humanidades y filosofía (1943-1948), pasando luego al Colegio Mayor de Santiago, para vocaciones adultas, de Salamanca y cursará la licenciatura en teología en la Universidad Pontificia (1948-1953), obteniendo el título de bachiller pero renunciando al de licenciado. 

En Salamanca, entre 1949 y 1951, fue recibiendo las órdenes menores y, en 1952, las de subdiácono y diácono. Fue ordenado sacerdote en Toledo el 4 de abril de 1953. Su primer destino fue como coadjutor en la parroquia de Santo Tomé de Toledo (1953-1955) y luego fue nombrado ecónomo de Totanés (Toledo) (1955-1956).

En 1957 da comienzo en su vida la que será desde entonces su tarea principal, la formación de sacerdotes. Volverá a Salamanca, llamado a ser director espiritual en los Seminarios de El Salvador y el Hispanoamericano de la Obra para la Cooperación Sacerdotal Hispanoamericana, la OCSHA (1957-1963); continuó esta labor en los de Toledo (1965-1970) y Palencia (1970-1975), para volver de nuevo a Toledo en 1975. Tanto en Palencia como en Toledo será también profesor de Gracia y Virtudes y de Teología Espiritual, hasta su muerte.

Esta labor de dirección espiritual no se limitó a los seminaristas y sacerdotes, sino que se abrió a personas de toda condición y estado: religiosos, religiosas y seglares. Dirigió innumerables tandas de ejercicios y retiros espirituales por toda España.

En Toledo se convirtió en Padre de los pobres. Por amor a Cristo lo perdió todo, hasta hacerse mendigo por ayudar a los pobres, especialmente a sus queridos gitanos. Proclamó con su vida y con su palabra el papel fundamental de los pobres en la vida de la Iglesia. En la Navidad de 1988 ofreció su vida como víctima, y Dios aceptó su ofrenda al concederle la gracia pedida en la primavera de 1991.

El 13 de marzo de 1991, mientras visitaba a un grupo de sacerdotes en Los Yébenes (Toledo), sufrió un infarto cardiaco y fue trasladado a la residencia Virgen de la Salud de Toledo, donde murió el día 25. Él había dispuesto que su cadáver fuera donado a la Facultad de Medicina de Madrid, donde permaneció hasta 1994 cuando, a petición del cardenal-arzobispo don Marcelo González Martín, fue devuelto y enterrado el 24 de marzo en la capilla del Seminario Mayor diocesano de Santa Leocadia para adultos (Iglesia de San Bartolomé).

En noviembre de 1998 se incoó la fase diocesana del proceso de beatificación, que concluyó en octubre de 2000. Remitida la documentación al Dicasterio de las Causas de los Santos, el 30 de septiembre de 2015 el papa Francisco lo declaraba Venerable. Se realizó entonces el traslado de sus restos a la iglesia parroquial de Santo Tomé, donde había sido bautizado.

Escritor incansable, en su vida publicó muy poco, aunque dejó cuadernos de estudio (1965-1969), diarios (1961-1991), poemas y cartas. Como parte de la preparación del proceso de beatificación, la Fundación José Rivera ha ido publicando muchos de estos escritos, así como conferencias, pláticas y ejercicios espirituales.

Obras

• Nota sobre el estudio de la teología, Toledo 1961 (reeditado en 1994). 
• Meditaciones cristianas, Toledo 1963. 
• RIVERA, José e IRABURU, José María, Cuadernos de Espiritualidad, Burgos, Aldecoa, 1975.
• RIVERA, José e IRABURU, José María, Espiritualidad católica, Madrid, CETE, 1982.
• RIVERA, José e IRABURU, José María, Síntesis de espiritualidad católica, Pamplona, Gratis date, 1988.

Escritos publicados después de su muerte, por la Fundación José Rivera, Toledo:

• La Teología, 1994.
• La Eucaristía, 1994.
• La caridad, 1994.
• Meditaciones sobre Ezequiel, 1994. 
• El Adviento, 1994; Meditaciones sobre Jeremías, 1994. 
• Meditaciones sobre los Hechos de los Apóstoles, 1994. 
• Cartas I, 1995.
• Meditaciones sobre el Evangelio de san Marcos, 1995. 
• La vida seglar, 1995. 
• Adviento-Navidad, 1996. 
• Semana Santa, 1996. 
• La Mediocridad, 1996.
• Cartas II, 1996. 
• La Cuaresma, 1997. 
• Jesucristo, 1997.
• El Espíritu Santo, 1997. 
• Poemas, 1998.
• Textos proféticos, 2002.
• Textos proféticos II, 2003.
• Fecundidad, 2004.
• De la muerte y la vida, 2004.
• La Iglesia, 2006.
• La belleza y la Verdad, 2007.
• En mi principio está mi fin, Toledo, Ediciones Trébedes, 2017.
• Hechizos de la Misericordia, Toledo, Ediciones Trébedes, 2018.
• Ecos del misterio, Toledo, Ediciones Trébedes, 2018.
• La urgencia de ser santos. Ejercicios espirituales para sacerdotes, Toledo, Ediciones Trébedes, 2019.
• Vivir para Cristo Eucaristía, Toledo, Ediciones Trébedes, 2020.
• La liturgia, casa de la ternura de Dios, Toledo, Ediciones Trébedes, 2022.

Bibliografía

• José Rivera. In memoriam. Sesión académica en memoria del profesor José Rivera, Toledo, Estudio Teológico San Ildefonso, 1991.
• FUNDACIÓN JOSÉ RIVERA, José Rivera. Sacerdote, profeta, testigo. Madrid, BAC, 2002.
• FERNÁNDEZ GONZÁLEZ, Demetrio (ed.), José Rivera, un sacerdote diocesano. Actas de las Jornadas en torno a la figura del siervo de Dios. José Rivera Ramírez (1925-1991), Toledo, Instituto Teológico San Ildefonso, 2004.
• ALONSO AMPUERO, José Manuel, José Rivera Ramírez: Pasión por la santidad, Pamplona, Fundación Gratis Date, 2014.
• FUNDACIÓN JOSÉ RIVERA, Tu rostro buscaré (Jornadas del 90 aniversario del nacimiento de José Rivera), Toledo, Ediciones Trébedes, 2016.
• ALONSO AMPUERO, José Manuel, José Rivera Ramírez, testigo de la Luz, Burgos, Monte Carmelo, 2016.
• FUNDACIÓN JOSÉ RIVERA, La figura del Venerable José Rivera. Jornadas en el 25 aniversario de su muerte (marzo 1991- abril 2016), Toledo, Ediciones Trébedes, 2021.