Nació en Alcázar de san Juan el 10 de septiembre de 1893. Sus primeros estudios fueron en su ciudad natal y cuando acabó, debido a la escasez de recursos económicos familiares, fue aprendiz en una barbería de esta localidad. Posteriormente se trasladó a Madrid, donde primero trabajó en otra barbería de la calle Huertas, aunque su afán por la medicina le llevaba después del trabajo a asistir a las clases que impartía el doctor Bravo en el Hospital General. Se matriculó en el instituto General y Técnico de San Isidro en Madrid durante 1911 y 1912 superando los estudios primarios de bachiller. Obtuvo el título de Practicante el 4 de julio de 1912, siendo durante esta época un gran seguidor de las enseñanzas del joven doctor Marañón, con el que mantuvo muy buenas relaciones durante toda su vida.
Solicitó su admisión en la JAE el 16 de noviembre de 1916, durante el curso de 1916-1917. Entonces vivía en Madrid una ciudad que le marcó en su vida como lo refleja en varias publicaciones que realizó con posterioridad: “…ahora aprecio y me asombro cómo aquel ambiente romántico de aristocratismo y popularismo zumbón y jaranero, podía contagiar a cualquier chico de pueblo que trabajara en un oficio y viviera en un tabuco. Su influencia era tan decisiva y tan útil la proximidad de los grandes hombres, que de los chicos del barrio los hubo hasta ministros. Rozarme con don Alberto Aguilera, con Cajal, con Sainz de Arnesto, frontero de mi piso de Los Tres Peces (…) era diario en la calles donde vivía junto a tocaores y bailaores, toreros (…) y títulos de renombrada alcurnia…”.
También en estos relatos habla de su experiencia en la JAE: “…cuando yo era muchacho vi en la Junta de Ampliación de Estudios (…) la figura de don Eduardo Hernández Pacheco, fundador de la Geología Española y como la vida se enreda más que la lana a los mil años, casi en cuatro días, fui amigo de su hijo don Francisco, catedrático y autor de numerosos estudios sobre La Mancha, tuve diversos intercambios de trabajos con él…”.
De esta relación Rafael Mazuecos colaboró en un estudio acerca de establecer la determinación estratigráfica de La Mancha y fijar la edad geológica de la forma miógena de la llanura, por lo que fue nombrado miembro honorario de la Sociedad Geográfica Española.
Después de su estancia en Madrid, se trasladó a Cádiz y allí fue vicepresidente del colegio de practicantes junto con su amigo Fernando Ceballos (presidente del colegio gaditano). Fundo la revista El Practicante Gaditano, desde la que intentó unificar ideales de los practicantes, para alcanzar un fin común. Después de muchas luchas Fernando Ceballos y Rafael Mazuecos, como director de la revista, se trasladan a Sevilla para convencer a sus compañeros de fundar una revista e integrarse en la Federación Sanitaria Andaluza de Clases Sanitarias. Así describió Rafael su traslado a Sevilla: “… voy a Sevilla a luchar por la causa de la libertad y por el resurgimiento de las clases sanitarias. A incorporar mi voz y mi esfuerzo de practicante a las voces que reclaman autonomía y a los esfuerzos de los que tiran por arrancarla, hasta conseguir una Andalucía Autónoma con su propio Ministerio de Sanidad”. En el año 1919 es nombrado en Sevilla presidente del colegio y director de la revista El Practicante Sevillano.
Fue un gran seguidor de la Institución Libre de Enseñanza, fundada en 1876 por Francisco Giner de los Ríos, Gumersindo de Azcarate y Nicolás Salmerón, con la memoria de J. Sanz del Río y de la filosofía del alemán Krause, realizando un estudio sobre la filosofía krausiana en España, esto nos da detalles de la personalidad que tuvo Rafael.
En 1920 vuelve a Alcázar, poniendo consulta en su casa particular. Ofreció sus servicios como practicante a todos los médicos ejercientes en la época en Alcázar. Creó el Servicio de Partos para Pobres. Siguió haciendo estudios secundarios de bachiller en el instituto Cardenal Cisneros de Madrid como libre y en 1927 se matriculó en la Facultad de Medicina de Cádiz, donde se licenció como odontólogo el 17 de agosto de 1931 y luego en Medicina y Cirugía el 16 de septiembre de 1931. Este mismo año, instala un gabinete odontológico en su casa y el 18 de noviembre del mismo realiza su primera operación con éxito. En 1935 fue médico de la Casa de Socorro de la localidad.
Colaboró en muchas publicaciones y diarios de Alcázar de san Juan como Hoja Parlante, Tierra Manchega, El Socialista Manchego, Crispín, Democracia, o El Despertar, donde publicaba artículos con el título La Gota Medica. En su afán de divulgar sus estudios empezó a publicar por cuenta propia en junio de 1951 Hombres Lugares y Cosas de La Mancha, llegando a editar un total de 58 fascículos durante 36 años hasta 1987, un año antes de su muerte el 1 de abril 1988 a los 95 años de edad.