Nació en Mantiel, provincia de Guadalajara, en 1861. Su familia se trasladó a Madrid siendo él un niño, por lo que toda su etapa formativa se desarrolla en la capital del reino. Obtuvo su título de Magisterio en 1883 y durante varios años trabajó de maestro al tiempo que comenzaba sus estudios de Filosofía y Letras en la Universidad Central de Madrid, donde sería discípulo de Bardón, Cánovas, Menéndez y Pelayo, Ortí y Lara, Salmerón o Sánchez de Castro. Se doctoraba en 1889 y en 1894 ganaba por oposición la plaza de regente de la Escuela Aneja a la Normal de Maestros de Madrid, donde asimismo ejerció como profesor.

En 1899 editaba su libro Arte de la lectura, el cual tras un informe favorable de la Real Academia es adquirido (en cantidad de 666 ejemplares) con destino a las Bibliotecas Públicas.

En la primera década del siglo XX Blanco colabora con distintos ministerios de Instrucción Pública en las sucesivas reformas de los planes de Enseñanza. También en ese periodo fue director-jefe de los colegios nacionales de sordomudos y de ciegos, establecidos en Madrid.

En 1909 el ministro (en el gobierno de Antonio Maura) Rodríguez San Pedro le encargaba la puesta en marcha de la Escuela de Estudios Superiores del Magisterio, cuyo objetivo será formar a los docentes de las Escuelas Normales y al cuerpo de Inspectores. Comenzaba impartiendo clases de Literatura General y Lengua y Literatura Española y poco después (1910) pasa a darlas también de Pedagogía. En el mismo día en que aparecía su nombramiento en la Gaceta de Madrid (4 de agosto) lo hacían también, para otros puestos docentes en la misma Escuela, los de Ortega y Gasset, Manuel Serrano y Sanz, Luis Hoyos Sainz y Magdalena Fuentes Soto, entre otros.

En la Escuela Modelo Municipal de Madrid dirigió el Gabinete Antropométrico. En 1914 fue nombrado director de estudios de la sección de alumnos de dicha Escuela por el ministro de Instrucción, Bergamín. Obtiene el grado de catedrático, en esta misma Escuela, en 1927. Poco antes, en 1924 había sido nombrado profesor de Pedagogía correccional de la Escuela de Criminología. También fue nombrado miembro de la Junta para la extinción del Analfabetismo y de la Comisión Interministerial de Educación Física. En colaboración con el celebre pedagogo Ezequiel Solana fundan la Sociedad Española de Pedagogía, en 1906. Fue consejero de instrucción Pública entre 1921 y 1930 y como tal participó en la elaboración del conocido como ‘Plan Profesional’ para los estudios del Magisterio.

En el plano político sería concejal en el Ayuntamiento de Madrid en la década de los años 20. En 1927 el presidente del Consejo de Ministros, el general Primo de Rivera, le nombraba gobernador civil de Segovia, puesto del que dimitió en febrero de 1930. Se reintegraba después a su cátedra de la Escuela de Estudios Superiores del Magisterio, hasta noviembre de 1931 en que alcanzaba la edad reglamentaria para su jubilación. Perteneció asimismo a la Real Academia de Ciencias Morales y Políticas.

También destacó en su actividad periodística, como revela el hecho de que fuera presidente de la Asociación de la Prensa de Madrid entre 1920 y 1926 y presidente honorario de la federación española en ese mismo periodo, aproximadamente. Fue director de los periódicos El Universo, (desde 1904, cuyo lema era “periódico político católico de la mañana”), El Magisterio Español y La Educación Hispanoamericana, y colaboró asiduamente en ABC bajo el seudónimo de ‘Un crítico de La Alcarria’.

Su relación con la JAE se limitó a la solicitud de una beca para asistir, en Bruselas, en agosto de 1911, “al primer Congreso Internacional de Paidología, con objeto de presentar unas comunicaciones sobre Bibliografía paidológica hispano-americana y otra sobre Antropometría pedagógica, escrito sobre datos fisiológicos de niños madrileños”, según sus propias palabras en la solicitud de dicha beca. Ésta le fue concedida por la JAE, como atestigua una nota suya en la que adjunta la reproducción de dichas comunicaciones, como justificante de su estancia.

Murió asesinado en el Madrid republicano en octubre de 1936.

Entre sus obras pueden ser destacadas: Paidología y Paidotecnia, (1911); Escuelas graduadas (1912); El niño y sus educadores, 2 vols. (1912); Teoría de la Educación y Teoría de la enseñanza, (ambas de 1912); Bibliografía pedagógica de obras escritas en castellanos o traducidas a este idioma; (1907-1912); La educación de la mujer y la coeducación de los sexos (1931); Enciclopedia pedagógica, 4 vols. (1930-32); Organización escolar, (1932); Bibliografía Pedagógica del siglo XX, (1932-33). Además de muchas otras monografías, destacándose las que escribió sobre Pestalozzi (1909), Platón (1910),  La Salle, Quintana, Menéndez Pelayo y otras.

Los planteamientos ideológicos y la amplia práctica educativa desarrollada por Rufino Blanco se sitúan en un frente muy distinto, si no contrario, al que representó en la misma época la Institución Libre de Enseñanza, tanto en los contenidos y presupuestos teóricos como en los aspectos metodológicos. Blanco, fiel discípulo de Menéndez Pelayo, se ubica en la línea de un pensamiento firmemente católico, aunque en modo alguno ajeno a las teorías de la renovación pedagógica del momento. Como señala un tratadista, E. Mérida, el grupo pedagógico al que pertenece Blanco, de clara inspiración neo-escolástica, “se opone a la secularización de la vida pública y a la neutralidad religiosa de la Escuela”.

Por otra parte, es destacar que Rufino Blanco abordó en su obra cuestiones muy diversas dentro de los campos de la Educación, la didáctica, y la organización del sistema escolar; así por ejemplo se ocupó de temas biogenéticos, antropométricos, psicogenéticos, de higiene escolar, educación física, y de la educación sexual en la  Escuela y de la formación de las mujeres.

Algunos estudiosos de la Educación en España (María Ángeles Galino, por ejemplo) le achacan una cierta dispersión en sus temas, lo que puede llegar a provocar que a veces su pensamiento llegue a perder rigor. Todos destacan su papel esencial en la constitución y desarrollo del sistema de Escuelas Graduadas en nuestro país.

En 1961 el Ministerio de Educación Nacional constituyó una comisión organizadora de los actos de homenaje con motivo del primer centenario de su nacimiento. Hay diversos colegios públicos que llevan su nombre: en Guadalajara, en Villarrubia de los Ojos (Ciudad Real), en Madrid (en el distrito de Chamberí) o en Salamanca.