Licenciado en Veterinaria y más tarde en Filosofía y Letras (Filosofía Pura) Ejerció como Veterinario. Fue docente en la “Institución Moderna de Enseñanza” de Valdepeñas (1933) y más tarde en el Instituto “Bernardo de Balbuena”, impartiendo clases de Inglés, Filosofía, Ciencias, Geografía e Historia, Alemán, Francés, Física y Química. Profesor Numerario de Inglés (1956). Pasó también por los cargos de Secretario y Vicedirector.
Su interés aparte de su profesión, fue la prehistoria y la historia medieval valdepeñera y de la provincia, incluso fuera de ella, entre otras muchas actividades como investigador, novelista., intelectual, poeta, crítico de arte y de tauromaquia, teatro, conferenciante, mantenedor en actos florales, etc. Ante todo es un humanista. La verdad que escribir sobre Cecilio Muñoz es una ardua tarea y amplia, porque es para hacerlo en varios libros, dada su trayectoria.
Desde 1920 comenzó a escribir en varios artículos, en distintos medios, aunque casi siempre con pseudónimos. Aquí comento un párrafo de uno recogido en el Eco de Valdepeñas 24-10-1932, con el título Tercer Salón de Otoño “Santa Rusia”: Pero «Santa Rusia- es en su germen-en su prólogo -una esponja desecada y mustia, y en su desarrollo un verme, cuyo nervio más complejo no pasa de la sencillez de un col’ar esofágico”. Crítica inspirada en la obra Santa Rusia de Jacinto Benavente.
Fue propulsor junto otros valdepeñeros ya mencionados en otros trabajos, de la I Exposición de Arte de Valdepeñas en 1940 y jurado muchas de veces de dicha manifestación hasta su muerte.
El 5 de mayo de 1955, la Comisaría General de Excavaciones Arqueológicas, con Julio Martínez Santa-Olalla a la cabeza, propuso a D. Cecilio Muñoz Fillol, como Comisario Local de Excavaciones Arqueológicas de Valdepeñas.
En la revista de las Ferias de Valdepeñas, de 1976, en el espacio De Feria a Feria, Efemérides Municipales, 1975-1976, se recogía el 29 de enero de 1976, entre otros acuerdos, el nombramiento como Cronista Oficial de la Ciudad, a D. Cecilio Muñoz Fillol, en sustitución del anterior, don Antonio Merlo Delgado. Más adelante en el espacio de A manera de presentación, de la misma revista, se recoge un buen escrito sobre el origen y los antecedentes históricos de Valdepeñas, con el título Luparia, (tierra de lobos). Al parecer y según la teoría de éste, fue a partir del hallazgo de una estela funeraria romana, encontrada en la plaza de San Nicasio de Valdepeñas en 1584, donde se han desarrollado varias teorías, acerca de que en el espacio urbano que ocupa hoy Valdepeñas, hubiera anteriormente una ciudad romana. Esto sería hacia el siglo II de nuestra era. Algunos autores nombran Luparia y otros Maxia, y que la ciudad surgió a partir de la concentración de varios poblados o aldeas vecinas, tal como lo afirmaba también Eusebio Vasco, ambos describían la fundación de Valdepeñas anteriormente en la etapa medieval, como fruto de la unión de aldeas o poblados vecinos, nombrando los lugares de Novila, Mirobriga, Castilnuevo, Valpeñoso, Oreto, Laminio Norivia, Emiliana, Mentesa de los oretanos, Portum Perales, Corral Rubio del Jabalón y Almazán y Santa María de Flores, entre otros asentamientos. Además, esta teoría se hace más real, después de los hallazgos de restos arqueológicos de la época de una bodega romana (Siglo I-II d. C. al siglo IV o V d. C.) en el paraje del Peral en el año 2020.
La Revista de ferias de 1980 de Valdepeñas recogía, aparte del dolor acaecido en la ciudad por la riada de 1979, el intenso pesar por la muerte de Cecilio Muñoz Fillol. En la revista de 1981, destaca un artículo de análisis de estudio, sobre el pensamiento filosófico y literario de la pluma del salmantino afincado en Valdepeñas en esas fechas el profesor de Lengua y Literatura en el Instituto Bernardo de Balbuena y en la UNED, D. Marceliano Carpio Rodríguez, con el título Homenaje a D Cecilio Muñoz Fillol. Por otro lado, La Asociación Cecilio Muñoz Fillol, impartió unas conferencias en el Museo Municipal de Valdepeñas, del 26 al 31 de enero de 2004, con el título: Semana y Exposición Antológica en Homenaje a D. Cecilio Muñoz Fillol, con motivo del XXV Aniversario de su muerte (28 de enero de 1979) publicando en 2004, un libro de la actividad desarrollada. El 24 de mayo de 2014, se inauguraba en el Centro Cultural “La Confianza” de Valdepeñas, una sala dedicada a este ilustre valdepeñero, por el primer edil, Jesús Martín, el concejal de Cultura, Manuel López, y el secretario de la asociación cultural Cecilio Muñoz Fillol, Manuel Velasco, que fue también el impulsor del proyecto y director del mismo. Entre los libros de Muñoz Fillol podemos citar: Antálida; Metafísica Taurina, Cuadernos de Valdepeñas, Itinerario de un poeta, Muñoz Fillol, Bernardo de Balbuena, Despeñaperros, Poemas a Despeñaperros, Montiel, etcétera.
Y algunos de sus artículos más destacados: El Paisaje en las afueras de Valdepeñas en 1947. La Cueva del Santo en 1949. La Sombra de Andalucía en 1950. Las Leyendas en Valdepeñas en 1955. El pensamiento filosófico y literario, en 1959. Aparte de los anteriores, en la faceta histórica se recogieron trabajos con el nombre: noviembre de 1568-noviembre de 1968, este mismo año.
Entre los honores y galardones obtenidos, destacamos: la Encomienda de Número de la Orden de Cisneros; miembro del Instituto de Estudios Manchegos en 1956; presidente de la Subcomisión Provincial de Monumentos (1973); Correspondiente de Número de la Real Academia de la Historia (1974). Hijo Predilecto de Valdepeñas (a título póstumo), así como la antigua Casa de Cultura y la calle del Pangino, llevan su nombre. En el Instituto “Bernardo de Balbuena” se le erigió un busto en bronce (1981).
En Montiel, (Ciudad Real), tuvo un reconocimiento al interés por su historia le nombró una calle. Dos Placas Conmemorativas en el Parque Natural de Despeñaperros, por su interés y su estudio.